每年到端午 就會上演南北部粽哪個好吃的爭議戰，喜歡北部粽的人會批評南部粽太爛糊沒口感，而喜歡南部粽的人則認為北部粽根本就是「立體油飯」，不算粽子 ，南北粽各有擁護者，到底哪個好吃各說各話。
南部粽、北部粽最明顯的差異，就是做法不同，北部是先炒再蒸、南部則是不炒用水煮，口感上北部粒粒分明，比較有嚼勁，口味也較重，南部粽雖然不像湖州粽那麼軟爛，但比起北部粽，明顯是走軟Q路線，而且因為水煮，口味也比較淡。
雖然是這麼說，但其實北部粽也是有口感比較軟及比較Q的分別，比較軟的做法是從生米開始拌炒，先爆香鍋底與豬肉，再加入醬汁等，大約要拌炒40分鐘，米已經很爛了，再加上餡料包好蒸熟，另一種則是糯米先浸泡，隔天瀝乾水先蒸20分鐘，再與醬料簡單翻炒，加上餡料再蒸，口感則近似油飯，比較Q。
而南部粽就省去炒米的那一部分，生米與醬汁拌好，再加上炒好、滷好的餡料，包起來以大火水煮，約一個半小時到兩小時。
餡料方面也各有千秋，除了大致上都有的豬肉、香菇、蛋黃等，北部粽會加上蝦米、魷魚乾等海鮮，有的還會包蘿蔔乾等增加口感，而南部會加上栗子、花生，不過也有人不管什麼南北部的差異，只要喜歡吃的料都包進去，甚至出現干貝、蝦仁等豪華內餡。
而南北部粽使用的糯米也是不同的，北部粽會使用比較Q的長糯米，南部粽則用比較黏的圓糯米；粽葉也有不同，如果要光從外觀上分辨南北部粽，看粽葉的不同就知道。
北部粽多數使用桂竹葉，顏色較黃而且有斑點，雖然說是桂竹葉，但其實是桂竹竹筍的外殼，而不是葉子，經過煙燻後使用，纖維較粗而且硬挺，適合拿來蒸，不易變形。
而南部粽則使用麻竹葉，不管是新鮮的還是曬乾的都可以，曬乾的只要泡水就會恢復鮮綠的顏色，特點是葉子軟，可以把生米緊緊包好，下鍋煮之後，葉子的香味會與米的味道融合在一起，煮好後葉子則會黏黏滑滑。
北部粽一般口味較重，不必另外再沾醬汁，但很多人喜歡搭配甜辣醬，而南部粽則有人會搭醬油膏，甚至肉粽也有人加花生粉（一般南部粽是素粽才搭花生粉與香菜末），像是台南的老店再發號會自煮醬汁，淋在肉粽上。
衛生福利部台南醫院營養科主任蔡佩芬表示，有人認為北部粽用炒的，熱量可能比南部粽高，不過還是要看餡料，南部粽常會放入肥肉來增添風味，北部粽則因為米已經有油了，不會再包太油的肉，熱量不見得比南部高。
她表示，至於圓糯米與長糯米相比，都是不容易消化的糯米，而北部粽裡會放蝦米、魷魚乾與蘿蔔乾等，海鮮類尿酸 高的人比較不適合，而且鹽份比南部粽高，但南部粽會放肥肉與蛋黃等，飽合脂肪多，也是不利健康的。
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